公众熟知的211、985工程先后于1995年和1999年启动，曾连续10多年被纳入教育部年度工作要点，但教育部2015年工作要点并未提及这两项工程，甚至一度爆出“废除211、985”传闻。
“入选后没有淘汰机制，就自然享受相关待遇、政策，造成有的学校吃老本，形成新的“铁饭碗”。”中国教育科学研究院研究员储朝晖说，而未进入211、985工程的高校，即便拥有特色学科，也因缺少经费支持，在科研人才引进、生源质量等方面被甩在后面，导致高校被分成“三六九等”。
有媒体曾统计发现，2009-2013年，211、985高校拿走了7成的政府科研经费，而不少用人单位也更青睐211、985工程高校毕业生，甚至以此作为门槛设限，招聘大学毕业生。
然而，由于缺乏专业评价，储朝晖分析，985高校和211高校在使用财政支持方面，又易出现绩效偏低等问题。
教育部教育发展研究中心教育体制改革研究室主任王烽则表示，不少211、985高校反映在经费使用上“管得过死”。
“对应这些问题，方案都有针对性的解决措施。”王烽称，比如，方案引入了绩效评价甚至是第三方评价，并提出建立动态支持机制，即“在相对稳定支持的基础上，根据相关评估评价结果、资金使用管理等情况，动态调整支持力度，增强建设的有效性。”
哈尔滨工业大学校长周玉则发现，方案第一次明确进一步增强高校财务自主权和统筹安排经费的能力。
“与211、985等建设工程相比，方案有个重要的进步就是从以前的学校建设转向在建设学校的同时更加注重学科的建设。”中国人民大学教育学院教授项贤明认为，这有利于对高等教育的支持真正落到实处。
但方案并未明确哪些高校、学科将获得支持。对此，王烽认为，方案明确了政府的分工范围，“中央财政主要支持部属高校，地方财政主要支持地方高校，从结构上立体化了，也有利于学校在不同层次上争一流。”
具体而言，中央财政将中央高校开展世界一流大学和一流学科建设纳入中央高校预算拨款制度中统筹考虑，并通过相关专项资金给予引导支持；鼓励相关地方政府通过多种方式，对中央高校给予资金、政策、资源支持。
而地方高校则由各地结合实际推进，所需资金由地方财政统筹安排，中央财政通过支持地方高校发展的相关资金给予引导支持。
如此一来，与211、985工程相比，王烽预计，“双一流”建设支持高校和学科数量或将扩大，“扩大的最大空间在地方高校，主动权掌握在地方政府手上。”
储朝晖则预计，原先已累积优势的高校将率先获得支持，但要给一般高校、一般高校的突出学科更多机会。
项贤明认为，这将给一些规模较小，整体实力不强，但在某些学科上有着突出优势的高校带来新的发展机遇，“使这些在学科发展上有自己特色和特长的学校获得国家资助”。（许路阳）