按抽签规定，单号签位为主场，双号签位则为客场。抽签首轮，海南队被抽到F4签位，落在客场。所迎战的首轮对手是业余球队常州天山石化。球队若能击败常州天山石化进入第二轮，将继续客场挑战中乙球队江西联盛。若能通过第二轮，海南队将在主场迎战中甲球队梅州客家。若能继续胜出，海南队将继续主场迎战中超球队北京人和。2018中国足协杯首轮比赛将于3月20日开打。
海南队在2016年足协杯比赛中表现抢眼。在成功淘汰了中乙球队江苏盐城鼎立、中甲球队深圳佳兆业后闯入第三轮。足协杯第三轮主场面对中超球队广州富力，海南队在常规赛时间与广州富力战成1：1平，点球大战憾负对手被淘汰，第一次足协杯之旅结束。
在2017年足协杯中，海南队止步足协杯首轮。海南队首轮客场挑战上海申梵，两队在常规赛时间内踢成2：2平。点球大战，最终海南队点球3：5负上海申梵。