7个督察组于5月7日至9日陆续进驻上海、浙江、江西、湖北、湖南、重庆、云南七省（市），统筹开展流域督察和省域督察。截至5月20日晚，7个督察组共收到群众来电、来信举报12444件，受理有效举报10683件，经梳理合并重复举报，累计向被督察地方转办7562件；被督察地方已办结或阶段办结1522件，其中立案处罚244家，立案侦查13件；约谈党政领导干部96人，问责党政领导干部5人。
在下沉工作阶段，各督察组根据前一阶段督察掌握的情况和聚焦的问题线索，深入基层、深入一线、深入现场，督察地市级党委政府生态环境保护工作推进落实情况。各督察组查实了一批突出生态环境问题，核实了一批不作为、慢作为，不担当、不碰硬，甚至敷衍应对、弄虚作假等形式主义、官僚主义问题。