从1991年正式运作，到1999年两岸协商基础破裂，海基会与大陆对应成立的海峡两岸关系协会（简称“海协会”）前后进行了22次谈判。其中，以“九二共识”为基础，实现了两次具有重要意义的会谈———1993年4月的“汪辜会谈”和1998年10月的“汪辜会晤”，尤其是“汪辜会谈”不仅签署了包括公证文书认证、挂号信查询及补偿等事务性协议，更开启了两岸良好的对话氛围。也因为几个协议的达成，海基会成为岛内处理两岸民间事务性沟通的重要机构，十几年来为两岸同胞往来，解决了很多具体问题。 　　海基会本可以更有作为。1998年，海基会董事长辜振甫访问大陆之后，海协会会长汪道涵应允次年回访台湾，却不料1999年7月李登辉抛出“两国论”，将两会协商沟通的政治基础以及良好气氛破坏殆尽。民进党上台后，拒不承认“九二共识”；辜振甫辞世后，2005年6月，张俊雄接任海基会董事长，还未上任，他就表示“不存在‘九二共识’”，继续紧闭两会协商的大门。