《意见》就三沙的自然资源利用、生态环境保护基础设施建设、生态修复工程、建立生态环境监测体系、开展环境综合执法能力建设等，都作了具体的规定和规划，提出了非常严格的环保要求：实行环评一票否决。今后，三沙所有新、改、扩建项目，都必须进行环境影响评价，未通过环境影响评介的项目，一律不得开工建设；获准建设的项目，在建设中，防治污染措施必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投入使用。

　　《意见》规定，自2012年11月起，三沙市将不再批准新增开采地下水项目，岛屿供水工程建成后，要逐步停止开采地下水，到2015年全面停止开采地下水。

　　在生态环境保护基础设施建设上，《意见》提出，加快永兴岛垃圾、污水处理项目的建设，通过建立覆盖全岛的污水和垃圾处理系统，实现永兴岛垃圾收集分拣后压缩打包运回海南本岛进行处理，污水通过管网统一集中处理后达标排放用于海岛绿化，争取实现三沙垃圾、污水的零排放。

　　《意见》提出，要认真开展珊瑚礁生态系统检测和调查研究，建立珊瑚礁特别保护区，制定和完善与珊瑚礁保护有关的政策法规体系，实施珊瑚礁生态保护工程。在2013年，完成赵述岛400米水下人工礁体修复工程，恢复被侵蚀的岸滩；同时，积极创造条件，对羚羊礁、鸭公岛、甘泉岛、中建岛等岛礁开展海岛生态修复。