本次总决赛共有12支俱乐部参赛，分成两组，每组6支球队进行小组循环赛，第二阶段每组前4名进行组间同名次赛，如打平直接罚点球决定胜负。初次报名参加2016中国足球协会乙级联赛的俱乐部，将从总决赛队伍中按成绩顺序优先产生。

　　东南赛区，江苏东吴、海口海汉、深圳人人晋级总决赛。西北赛区，武汉有两支队伍突围拿到总决赛入场券。武汉新纪元为冲击乙级联赛，将武汉宏兴的整个班底请到新纪元，夺得西北区冠军。山西龙城至盛、武汉宏兴分获二三名，也已出线。西南赛区，由1997年和1998年出生的球员组成的四川玖玖爱获得冠军，柳州远道、昆明佳仕景分获二三名，晋级总决赛。东北赛区，大连龙卷风以全胜战绩夺得冠军。庄毅带领的沈阳城市建设以中泽的中甲班底为基础组建，但还是不敌大连龙卷风获亚军。长春申华获得第三，也顺利进军总决赛。

　　12支球队争夺4张乙级联赛入场券。