研究院定位为自贸区（港）的理论与政策研究，主要任务是服务海南自贸区（港）建设决策，具体包括：开展自贸区（港）建设有关课题研究；建立自贸区（港）会商机制，组织国内外专家定期与省委、省政府会商，参与海南自贸区（港）建设重大问题的讨论决策；参与海南自贸区（港）建设有关干部培训工作；成立专家咨询委员会，建设全国性的自贸区（港）专家资源平台，引进自贸区（港）研究人才；做好省委省政府交办的其他工作。