九一八事变后，杜重远前往北平（今北京），从事抗日救亡工作，成为东北民众抗日救国会的领导骨干。不久到上海，结识周恩来，提倡“发展国货工业，作经济上的实际抗日”。

　　1934年2月，杜重远在上海创办《新生》周刊，积极宣传抗日救国，反对国民党政府的绥靖政策。1935年7月，被国民党政府逮捕入狱。1936年秋刑满出狱后，赴西安推动张学良、杨虎城两位将军联共抗日。全国抗战爆发后，奔走各地，积极进行抗日救亡工作，热情宣传中国共产党的抗日民族统一战线政策。

　　受新疆边防督办盛世才的邀请，1937年10月、1938年6月和10月三次赴新疆考察。

　　1939年，杜重远应盛世才之邀，出任新疆学院院长。在新疆工作期间，为进行抗日救亡宣传，激发新疆各族人民的爱国热情，带领学生到北疆各地进行社会调查和抗日宣传，并经常撰写宣传抗日爱国思想的文章在《反帝战线》上发表。

　　1940年5月，杜重远因不断发表宣传进步思想的文章，遭到军阀盛世才的嫉恨，被逮捕入狱。盛世才捏造“汉奸”等罪名，对他施以各种酷刑，严刑逼供，但杜重远始终坚贞不屈，直至被秘密处死。