南海航海保障中心辖区范围覆盖广东、广西、海南三省区，海域面积达到210万平方公里，约占全国海域面积三分之二。该中心将主要承担辖区范围内海事航标建设养护、港口航道测量绘图、水上安全通信等技术支持和服务保障职责，另外还将负责珠江水系、汉江、湘江、岷江、赣江等江河水系船舶自动识别系统（AIS系统）建设、维护和服务工作。

　　据悉，交通运输部将具有公益服务性质的航标建设养护、港口航道测量绘图、水上安全通信等航海保障工作与海事行政执法管理工作分离出来，成立了北海、东海、南海三个航海保障中心。