该院下设南京大屠杀史研究中心、抗日战争史研究中心、“慰安妇”问题研究中心、当代日本政治研究中心、和平学研究中心、国际和平学校等机构。

　　据了解，南京大屠杀史与国际和平研究院历史专家由南京大学、上海师范大学、清华大学等校多年来从事南京大屠杀史、“慰安妇”问题、抗日战争史研究的顶尖学者组成。未来，还将吸纳国际学者加入。