神舟十一号飞船于10月17日7时30分发射升空。成功入轨后，控制权就交到了北京航天飞行控制中心。飞船在轨飞行期间，中心科技人员要对飞船进行精确控制和严密监视。

　　据北京航天飞行控制中心副总工程师孙军介绍，为牵引飞船追赶万里之外的天宫二号，中心需要对飞船进行5次远距离导引控制。首先，中心要抬高飞船的近地点高度，之后对轨道面进行修正，然后再抬高远地点高度，最后还要进行轨道圆化和组合体修正。经过5次远距离导引控制之后，飞船将到达天宫二号后下方52公里左右的位置，两个航天器建立空空通信，转入到自主控制段。

　　与前几次交会对接任务不同，此次交会对接轨道和返回轨道高度比之前增加了50公里，将首次考核验证空间站阶段的交会对接和载人飞船返回技术，还将首次考核航天员中期驻留能力。为此，中心科技人员调整了对飞船的控制策略。