二是制度的挑战。面对科学技术的飞速进步和现代科技之于经济创新发展所具有的强劲影响，我国创新中最为急需的，与其说是前沿的科技创新，不如说是适应这一科技革命的社会制度创新。没有科技体制和社会制度创新，就无法使创新获得必要的制度保障。比如，知识产权的保护就需有力的制度保障。同时，还要加强教育制度改革，尤其是对应试教育的积弊进行改革。此外，创新绝不仅仅局限于企业本身的内部改革，还要注重为企业创造良好的外部制度环境。

　　三是能源与生态环境的挑战。合理的创新经济应该是以较低能源成本和生态环境代价、获得较高经济效率的新型经济。这大概是新型创新经济区别于近代以来工业经济的主要标志。从这个意义上说，互联网、新化学、新生态技术不单具有极为重要的技术意义，而且具有积极的生态环保价值。