《办法》规定，水功能区分为水功能一级区和水功能二级区。水功能一级区包括保护区、缓冲区、开发利用区和保留区四类。水功能二级区在开发利用区中进行划分，分为饮用水源区、工业用水区、农业用水区、渔业用水区、景观娱乐用水区、过渡区和排污控制区七类。同一水域具有多种功能的，以其主导功能确定水功能区功能类别。

　　此次新制定的办法还对水功能区限制纳污管理作了严格规定，从限制排污总量、水功能区水质限期达标、整治污染存量、限制污染增量上都有了明确的规定和要求，尤其是入河排污口的设置以及管理，需要由各级流域管理机构和水行政主管部门审查和出具同意文件方可设置，并且要设立档案，定期进行监测和上报排污情况报告。