特区政府发言人就该报告回应传媒查询时表示，自回归祖国以来，香港特区一直严格按照基本法的规定实行“港人治港”、高度自治，充分体现“一国两制”得到全面和成功落实。人权和自由，包括言论自由、新闻自由、结社自由、选举权及被选举权等，在香港受到基本法、《香港人权法案条例》及其他法律的充分保障。特区政府十分重视，也必定全力维护。

　　发言人表示，特区政府有责任执行和维护基本法，以及确保所有选举均在符合基本法和相关选举法律下进行。

　　发言人说，基本法清楚订明，香港特别行政区是中华人民共和国不可分离的部分。任何“港独”的主张公然违反基本法，直接损害国家主权、国家安全及领土完整，有违全面贯彻落实“一国两制”，破坏香港特区在基本法列明的宪制与法律基础。有关的国际人权公约或法庭案例都已清楚指出，言论自由并非绝对。

　　发言人说，对于欧盟有关报告提及的其他事宜，包括禁止“香港民族党”的运作、签证申请个案及高铁香港西九龙站“一地两检”安排等，特区政府强调一直严格按照“一国两制”、基本法及香港法律处理香港事务。

　　发言人表示，在环境保护方面，特区政府一直推行全面措施减少不同空气污染源，包括发电厂、船舶及车辆的排放，以改善空气素质。另外，特区政府已禁止兴建新的燃煤发电厂并要求发电厂安装减排装置和增加使用天然气。自2013年至今，空气中的主要污染物浓度已下降超过三成。

　　外交部驻香港特区特派员公署8日晚回应欧盟发表的《2018年香港特区年度报告》时表示，坚决反对欧盟借发表有关报告干涉香港事务和中国内政。