档案显示，1936年9月的日本参谋本部的文件《关于制定允许陆军军医学校职员兼职为关东军防疫部职员之事》中，记载了日本参谋总长载仁亲王给陆军大臣寺内寿一的命令，以及日本天皇的军令案——《军令陆乙第四十一号》，文中显示：“朕命令制定并实行陆军军医学校职员兼职为关东军防疫部职员之事的方案”，而“关东军防疫部”即为731部队。

　　据公开资料，关东军医务处处长梶塚隆二中将和731部队总务部长川岛清少将在俄罗斯伯力审判时的供述：“天皇曾下达敕令组建731部队和100部队”，但战后731部队成员和日本社会各界竭力否认他们在伯力审判时的供述，进而否认天皇知道并扶持731部队的事实。