石井启一当天在例行记者会上称，若施工长期停滞，“普天间机场搬迁项目将难以为继，普天间基地附近居民将继续面临危险”。

　　翁长雄志10月13日以填海造地施工存在瑕疵违反《公共水面填埋法》为由，撤销了前知事批准防卫省在冲绳县边野古地区填海造地新建美军基地的行政许可。因施工失去法律依据，填海造地当天中断。

　　14日，防卫省向负责《公共水面填埋法》的国土交通大臣石井启一提出申诉，要求终止翁长上述决定的效力。随着叫停决定“失效”，防卫省将重启中断约两周的填海造地，并在11月启动新基地主体工程建设。

　　冲绳民众对此十分愤怒。有民众表示，安倍政府此举是藐视冲绳民意。他们今后也将尽全力阻止基地搬迁。

　　据日本媒体报道，冲绳地方政府准备向政府第三方机构“中央政府和地方政府争议处理委员会”申请仲裁。此外，冲绳还考虑起诉安倍政府。

　　2014年11月，反对新基地建设的翁长雄志当选冲绳县知事，围绕普天间基地搬迁问题，日本政府与冲绳地方政府之间对立严重。日本政府坚持将普天间美军基地搬迁至边野古地区，遭到冲绳县民众强烈反对，并引发多次大规模游行。