在通关方面，大桥采用“三地三检”通关模式，即三地口岸由三地政府各自负责设立和管理，均位于各自属地内。其中珠澳之间采取“合作查验、一次放行”的模式。
港珠澳大桥主体工程设置1处主线收费站，收费站双方向共设置20条收费车道，所有收费车道均支持电子不停车收费（ETC）和人工收费（MTC）方式。根据国家有关外汇管理规定，港珠澳大桥收费站现金收费为人民币，非现金结算以人民币计价。
