根据《方案》，改革后的主要变化包括：市县和洋浦经济开发区生态环境局实行以省生态环境厅为主的双重管理；地级市设区级生态环境保护机构的，统一调整为市生态环境局的派出机构，由地级市生态环境局直接管理；上收市县区生态环境部门的生态环境监察职能，由省级生态环境部门统一行使；建立生态环境监察专员制度等。

　　《方案》分别从强化党委和政府及其相关部门的生态环境保护责任、调整生态环境保护管理体制、规范和加强环保机构和队伍建设、建立健全高效协调的运行机制、强化组织实施等五大方面作出了具体的安排部署。

　　其中，在加强生态环境监测体系建设方面，将厘清生态环境监测事权，省级生态环境部门统一负责全省生态环境质量监测、调查评价和考核工作，实行生态环境质量省级监测、考核。

　　在加强生态环境保护综合执法工作方面，将整合生态环境、自然资源与规划等部门相关污染防治和生态保护执法职责、队伍，组建生态环境保护综合执法队伍，统一实行生态环境保护执法。