新农合经办机构按付费标准与医院按实际补偿标准结算，住院费用超出付费标准，由医院承担。

　　病患住院费用结算依据疾病出院主要诊断。主要诊断属于病种付费范围，按付费标准结算。实行病种付费病种的住院费用包含所有住院发生的费用。

　　定点医疗机构对参合住院病人进行补偿。另外，新农合基金对特殊病例还进行补偿。

　　《方案》还建立病种付费考核奖惩机制，省卫计委将每年对省级定点医疗机构、各市县（区）每年对辖区内定点医疗机构进行考核，并进行全省通报。如医疗机构将超付费标准费用应由定点医疗机构承担的部分却让参合病人承担的，由市县经办机构直接全额拒付医疗机构垫付的报销款，扣除质量保证金，并进行全省通报，限期整改。整改不力，屡次违规造成新农合基金损失，且情节严重的，全省通报取消新农合定点资格。