公共自然资源包括法律明确规定由全民所有的土地、矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、海域、无居民海岛、滩涂等。

　　意见指出，要坚持资源公有、物权法定，明确全部国土空间各类自然资源资产的产权主体。对水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂等所有自然生态空间统一进行确权登记。建立健全全民所有自然资源的有偿使用制度，更多引入竞争机制进行配置，完善土地、水、矿产资源和海域有偿使用制度，探索推进国有森林、国有草原、无居民海岛有偿使用。

　　“当前我国自然资源配置仍存在一些问题，政府作为自然资源所有者代表和作为公共利益管理者的职能边界不清，越位与缺位并存，甚至相互掣肘。”北京师范大学能源与战略研究中心副主任林卫斌认为，各级政府作为自然资源所有者代表要推动所有权和使用权相分离，并建立健全自然资源有偿使用制度，确保所有者权益。

　　意见还对无线电频率等非传统自然资源配置提出要求。对地面公众移动通信使用频率等商用无线电频率、电信网码号等资源，要逐步探索引入招投标、拍卖等竞争性方式进行配置。优化空域资源配置，提高空域资源配置使用效率，增加民航可用空域，深化低空空域管理改革。