公祭仪式在侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆举行。纪念馆集会广场庄严肃穆，现场国旗下半旗。8000余名各界代表胸前佩戴白花，静静肃立。解放军仪仗大队18名礼兵齐步行进至公祭台两侧伫立。10时整，公祭仪式开始。军乐团演奏《义勇军进行曲》，全场高唱中华人民共和国国歌。国歌唱毕，全场向南京大屠杀死难者默哀。同一时间，公祭现场和南京全城拉响防空警报，汽车停驶鸣笛，行人就地默哀。

　　默哀毕，在军乐团演奏的《国家公祭献曲》的旋律中，解放军仪仗大队礼兵将8个花圈敬献于公祭台上。

　　81名南京市青少年代表宣读《和平宣言》，6名社会各界代表撞响“和平大钟”。伴随着3声深沉的钟声，3000只和平鸽展翅高飞。

　　国务委员王勇主持公祭仪式，全国政协副主席王正伟和中央军委委员张升民出席。

　　参加过抗日战争的老战士老同志代表，中央党政军群有关部门和东部战区、江苏省、南京市负责同志，各民主党派中央、全国工商联负责人和无党派人士代表，港澳台同胞代表，为中国人民抗日战争胜利作出贡献的国际友人或其遗属代表，南京大屠杀幸存者及遇难同胞亲属代表，国内外相关主题纪念（博物）馆代表，国内有关高校和智库专家代表，中日韩宗教界代表，驻宁部队官兵代表，江苏省各界群众代表等参加公祭仪式。