在深化改革方面，海口海关先后启动“泛珠”四省海关区域通关一体化、关区内部区域通关一体化和全国五大区域海关区区联动工作，在关区内部取消转关模式，企业可根据需要，在全国任意一个海关办理通关手续；推行“汇总征税”税收征管新模式；还引入专业担保机构参与海关税款担保，推广海关税费电子支付等。
为进一步提高贸易便利化水平，海口海关不断落实简政放权，今年以来共优化内部核批事项43项，取消全部非许可审批项目和5个进出口环节经营服务性收费项目，下放异地加工贸易核准等业务审批权限22项；全面启动行政审批“一个窗口”集中受理工作模式，将原分散在不同业务现场和部门的9项行政许可审批事项集中到各隶属单位及派驻地方政务中心“一个窗口”受理，实现企业和个人海关行政许可事项办理“一站式办理”。
海口海关还积极推进企业信用等级培育工作，对有高信用等级需求的企业，主动提醒企业办理申请，支持海南企业通过AEO制度（经认证的经营者）高级认证和双边认证，享受互认国家更多通关便利。截至今年8月底，海口关区高信用等级企业达到87家，较去年同期增长19.2％，高信用等级企业进出口业务量占关区进出口业务总量77.1％。
