成化二十三年（1487年），知府张英迁建于元帅府西，自此终明清两代，琼州府衙址不变。迁建后的府衙中间依次有大门、仪门、黄堂、协恭堂、官厅，左右有吏员办公机构。

　　弘治六年（1492），知府张桓对府衙进行第一次修葺扩建，奠定了琼州府衙的基本规模。府衙大门向南，门之东西两侧围墙前面各竖一个青石牌坊，东坊叫承流坊，西坊叫宣化坊，“承流宣化”四字楷体、阴刻，由张桓本人亲题。大门后是仪门，仪门后拾级而上便是黄堂，它是整个府衙的主要建筑物，高广雄丽，是知府升堂办案的地方。黄堂后是协恭堂，是知府商会属下的场所。

　　协恭堂后原来是一座官厅，这次改为楼宇。堂之左右至楼宇之前绕以短垣，使黄堂显得突出威严。短垣外是各属办公机构，东垣外从南至北并排着礼房、户房和吏房，皆西向。三房后面的东北隅有一座土地庙，正北隅是经历司署，皆向南。经历司署的后边是排成品字形的五座官厅。西垣外从南至北并排着兵房、刑房和工房，皆东向。三房后西北隅是仪从库，正北隅有照磨所。整个府署四周绕以高墙，大门两旁各设一个旁门方便出入。

　　正德六年（1511），知府王子成添建官舍于照磨所后，舍后绕以矮垣，跟正堂东边经历司后的官衙成对称。正德十年（1515年），琼州府通判李祯祥将府衙北边围墙后移，增建吏舍于其右。十三年（1518年），知府谢廷瑞将后楼迁退至北楼墙边，而将原楼基改建官衙，使府衙正堂由二进变成了三进。

　　嘉靖四十五年（1566年），府衙正堂倾圮。隆庆二年（1568年），知府史朝宜重建后只有正堂二进，正堂后是楼，正堂右为清军厅，正堂左为燕思堂，其前是经历司，右为照磨所和广盈、架阁二库，燕思堂左右各设吏舍通道。仪门内左为土地庙，右为迎宾馆。仪门外大门内左为督粮厅，右为理刑厅。大门外设榜房。嗣后，随着琼府官职设置的增减，府署官衙时有更迁。如万历二十九年（1601年）添设抚黎厅于衙左；正德后捕、刑二属官员另开衙门，不再从大门出入。清初裁撤抚黎通判，将其事归予海防同知经管，府衙中则以通判署改为同知公署。理刑已经撤消，但其公衙还在，照磨所久经革除，其衙则改为经历司衙，而经历司原衙却圮废成为旷地。

　　清康熙十一年（1672年），强台风将府衙的大堂、仪门、六房等建筑物毁坏，知府牛天宿重修。不久又连遭风损，四十六年（1707年），各县捐资重修。此后，各届知府对府衙多有修葺，但其基本格局不变。清末《琼山县志》载，府衙最后一次的修葺是道光十四年（1834）。此后，琼州府无力对它全面维修。至清末后期实行新政，催征设防，办事机构择地遍布，琼府衙只存一个破败的外壳了。民初海南政局不稳，官员来去匆匆，谁都无暇修整前朝遗物，致使琼府旧衙一塌糊涂，瘫倒在地。

　　而今，琼山中学教学大楼周边，便是琼州府衙的遗址。