医院设有肠道门诊、发热门诊、感染科门诊、输液室及药房、挂号收费窗口及三个住院病区（设有消化道、呼吸道等病房及危重症传染病 监护室），86张床位。

　　目前拥有多种先进医疗设备：纽邦E360有创呼吸机3台、760Ventilator有创呼吸机2台、无创呼吸机2台、心电监护仪12台、移动床边X光机1台、B超机1台、床边血气分析仪1台、震动排痰机2台、MARS人工机1台以及超声导药治疗仪、瞬时弹性成像仪等仪器设备。

　　现有医护人员68人，其中医生22人，护士46人，正高7人，副高11人，中级职称12人，初级职称38人；国优专家1人，博士2人，在读博士2人，硕士14人。各专业学会主任委员2人、副主任委员4人、委员8人，青年委员4人。先后共有9人次到美国、瑞士、意大利、日本、香港等国家和地区留学和进行学术交流。

　　拥有国家中医药管理局中医药防治传染病重点研究室，国家药物临床试验机构（肝病专业）和热带病研究室。

　　近10年来，海南省传染病医院先后承担国家自然科学基金课题1项，海南省自然科学基金课题6项，海南省卫生厅课题8项，多项国际和国内多中心的Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期肝病药物临床试验。合作完成国家级行业专项课题1项，作为联合申报单位申报 “十二五”国家重大专项课题：《中医药防治重大传染病临床研究》。先后获海南省科技进步奖6项，省医院新技术、新项目奖4项。发表论文150余篇，撰写专著9部。

　　海南省传染病医院承担全省二级医院传染病专业医护人员的进修培训工作；承担海南医学院本科生传染病教学和实习带教工作以及海南医学院国际学院外国留学生传染病英语教学和见习带教工作。