《山本》的叙事模式是民间说史的模式，故事发生的时间是模糊的，我们只知道，这是20世纪二三十年代，军阀混战的乱世。乱世之中的涡镇，为了自保成立武装，以暴制暴，最终毁于炮火。
涡镇名字的由来，是因为黑河和白河在此交汇形成涡潭，状如太极图中的双鱼。这是历史旋涡的象征，也是正邪两派斗争的象征。然而，书中的人物常常是亦正亦邪的。
《山本》写乱世，乱世中有杀戮，更有拯救，有大恶，更有大善，正因为有杀戮和大恶，拯救和大善才更显得弥足珍贵。悬壶济世的盲者陈先生救死扶伤，慈悲为怀的哑尼宽展师父救苦救难，奔忙在芸芸众生中的陆菊人古道热肠、扶危济困，他们就是涡镇的活菩萨，承载着作者对生命救赎的悲悯情怀。
正邪两赋论是《红楼梦》一书的哲学纲领，曹雪芹认为在正、邪之外存在第三种人性，是为正邪两赋，即为情而生，情诞生于正邪善恶之争的夹缝中，它超越了正邪善恶之争，不属于两派中的任何一派，而是自身独立，内蕴了真、美、爱、义、清净、圣洁、自由、创造等品质。这才是人世间精神追求的极致，人类极高明的理想，宇宙精神的终极目的。自从情诞生以来，善恶对立的两极格局就被打破，演变成善、恶、情三极格局。真正具有独立自存性的惟有善和情。《山本》中作者钟爱的主要人物陆菊人、陈先生、宽展师父，正是正邪两赋之人，他们仁慈、博爱，一如秦岭。只要有这仁慈、博爱在，秦岭就永远屹立在中国的土地上。
《山本》写苦厄，也写对苦厄的超越，贾平凹说：“巨大的灾难，一场荒唐，秦岭什么也没改变，依然山高水长，苍苍莽莽，没改变的还有情感，无论在山头或河畔，即便是在石头缝里和牛粪堆上，爱的花朵仍然在开。”那些开满山的花朵才是山之本，那些花朵叫善和爱。
