海南在明太祖洪武二年（1369年）设海南分司，有镇兵1000余名，仍隶广西。八月广东卫指挥佥事孙安，和高邮千户周旺、百户吴成等分别驻守海南，开设卫所，设屯田11处，向朝廷奏请扩展城池，升琼州为府。查阅明代海防资料，洪武五年（1372年），设置海南卫；洪武七年（1374年），设置了万州所。洪武十七年（1384年），设置新会千户所。洪武二十年（1387年）指挥桑昭请求获准增添后所，改中左所为前所，儋、万州所为守御所。

　　万历年间设琼州府的白沙寨，其艚船有22只，长号桨船15只，正兵2哨，泊白沙港。此后造扬威营备倭艚船3只。

　　《明太祖御制文集·劳海南卫指挥敕》记载，当时有旗军1170名，包括内五所（左右中前后各100名），东三所清澜、万州、南山各100名，西三所儋州150名、昌化所100名、崖州所120名；战船二十三只（内五所各一只，外六所各三只）。

　　由此，可以统计出海南当时的城池有海南卫城、海口所城、清澜所城、万州所城、南山所城、儋州所城、昌化所城、崖州所城以及澄迈城、临高城、定安城、感恩城等。

　　海寇：

　　守卫、抵抗、战功

　　而海寇更多是经济发展与海上私贸的产物。

　　“明代海南岛不再是本岛海寇所独有的势力范围，被迫与潮州、漳州、福宁州等地海盗共同分享海南岛的资源；外国海寇不局限于占城（越南），大泥（马来半岛）、交趾（越南北部）、葡萄牙等国海盗也参与其中。”福建师范大学刘运强认为。

　　海寇始终来犯。史料记载海南的海寇活动比广东、福建一带晚了将近10年。洪武十一年（1378年）四月十四日，倭寇登岸掠劫儋州沿海村庄；洪武十九年（1386年）五月十九日，倭寇掠劫儋州新英、洋浦港货物；成化元年（1465年），海寇登澄迈县县治，民居烧毁一空；正德十二年（1517年）二月，倭寇登临高石牌、白庙等村庄，烧劫民舍；嘉靖年间，昌化守御所置巡视海面船被海盗掠走……

　　但总体而言，针对海寇的防御，在洪武年间的三十年内，因国力强盛，基本“有攻就有守”。如洪武二十年（1387年），海寇登海口岸，指挥花茂奏设城池，移后千户所官军守御；二十三年，海寇登昌化棋子湾岸，指挥桑昭奏筑昌化千户所城池隄备；二十四年，指挥桑昭以清澜海港尝有倭寇泊舟，侵略居民，奏立守御所，军1000名以备御；二十五年，倭船侵掠万州，指挥桑昭奏拨军1000名，委千户俞凯董领筑城守御；二十七年，以南山尝有倭寇泊舟登岸，指挥花茂奏设千户所，拨官军1000名守御；二十七年，指挥花茂迁调嚣巡检司于太平都南窘村，以防海寇。

　　明朝海盗对海南岛的骚扰频繁到了何种程度？究竟有多少次劫掠与杀戮？如今已很难知晓。史志上的记载，往往与守卫、抵抗以及死亡和战功联系在一起。

　　如永乐九年（1411年）二月初三，倭寇在昌化海岸登陆，攻陷昌化城，千户王佛战败被杀，指挥徐茂、李桂等带兵接战，生擒15人，斩首5人，缴获一批武器；弘治十二年（1499年）海盗抢劫儋州沿海村庄，指挥周远率兵擒获海盗吴球等18人，缴获船4艘，器械369件；正德十四年（1519年）渤泥番海寇入侵榆林港，知州陈尧思指挥谷春等督军，斩获贼众罗朝田等24人；嘉靖十七年（1538年）海贼抢劫万州新潭村，掳去男女民众17人，吏目姚汝励和千户周昂驾船追至独洲岛夺回……

　　烽火台：

　　举火燃曰烽，望其烟曰燧

　　无疑，海寇活动对海南岛上百姓的生存、生产、生活等产生影响的同时，也促使海南岛海防建设以及军事地位的提高。

　　“面对倭寇疯狂掠夺即海盗的大肆抢劫，明代海南岛便形成了一整套海防体系。”海南省博物馆研究馆员王育龙介绍，这些体系中，包含了营堡、城池、卫所、巡司、烽燧（烽堠）、驿站、驿道、水师及地方多种兵力。

　　王育龙自2011年开始，参与了海南省文物考古研究所和中山大学南中国海考古研究中心共同成立的考古调查小组，通过“环海南岛明清时期海防设施调查”项目，试图对烽燧等海南海防文物遗址进行抢救性保护。

　　值得一提的是海南烽燧（也称作烽火台、烽堠、烟墩、烟堆、墩台、望楼等），明初环海南岛沿海东、西两路共设106座。明《方舆志》记载，“旧制无烽堠，今于沿海紧关去处设立一百六座，差兵夫昼夜瞭望，遇警放烟，稽古制也。”至明正德年间，减至85座（东路烽堠35座，西路烽堠50座），官兵和战船随之减少。

　　显然106座烽燧不是一夜之间建造而成。史料记载，洪武二十二年（1389年）因海寇经常犯境，万州守御所3艘战船在沿海一带加强巡逻，又在南港、莲岐、莲塘、乌场、新谭、杨调、陵水等8处设烽火台，派2名军士昼夜执勤，如发现海寇就放烟报警。

　　丘濬《大学衍义补》中，有“守边”之策关于烽燧的阐释，“边防备胡寇，作高土橹，橹上作桔槔，桔槔头兜零，以薪草置其中……有寇即火燃，举之以相告，曰烽……又多积薪，寇至即燃之，以望其烟，曰燧。”