1927年12月，何昆参加广州起义，带领战士冲锋在前。起义失败后，在黄沙火车站被捕。他凭借习武基础，带领部分难友逃出关押场所，潜回永兴老家短暂停留。

　　当时正值朱德、陈毅领导发动湘南起义，永兴革命斗争风起云涌。何昆向广大群众宣传革命思想，帮助地方党组织训练工农武装。同时，动员妻子曹已花剪发、放足，为村里妇女做榜样。

　　在白色恐怖的严峻形势下，妻子抱着不满周岁的女儿，含泪劝何昆暂时躲避一下风声。他向妻子解释说：“我在外面跑，是为了让穷苦人以后不再当牛做马呀！”不久，他奉命到上海等地从事秘密革命工作。

　　1929年冬，何昆调任中共江苏（南）通海（门）特委委员，参与领导改编当地游击队和整顿农民武装，指挥游击队先后取得卢家庄、四甲坝、四扬坝等战斗的胜利，有力推动了该地区游击战争的开展。

　　何昆在规范练兵的同时，向战士们灌输革命战士为人民的理念，提倡艰苦奋斗，动员战士向江西的红军学习，将每月津贴由6元减到3元。

　　1930年春，何昆参与创建中国工农红军第十四军，任军长兼第二支队支队长。全军下辖两个支队，1300余人，是当时江苏境内唯一的一支中央序列红军。他率部活动于南通、海门、启东、如皋、泰兴等地，先后攻克敌人多个据点，粉碎敌人多次“进剿”，建立通海如泰根据地。

　　1930年4月16日，在如皋西南老户庄战斗中，何昆不幸中弹壮烈牺牲，时年32岁。