西沙群岛地处南海航线要地，自古以来就是南海海上贸易的见证者。正因如此，其水下珍贵遗存也颇为丰富。南海水下考古也是我国水下考古工作中的一块重要“拼图”。

　　1974年3月至5月，广东省博物馆和海南行政区文化局的文物考古队员，对西沙群岛进行了新中国成立以来的首次考古调查。发现了珊瑚岛I号沉船遗址。

　　1996年，4月至5月，由海南省文物保护管理办公室、中国历史博物馆水下考古学研究室、广东省文物考古研究所等单位联合组成了西沙群岛文物普查队，开展了针对西沙群岛的文物普查工作，这也是我国开展的首次大规模水下考古调查。

　　2007年3月，中国国家博物馆水下考古研究中心联合海南省文物局，对华光礁一号沉船遗址进行了全面的大规模考古发掘。2008年12月，考古队员们对华光礁一号沉船遗址进行了第二次发掘。

　　2010年4月至5月，中国国家博物馆组织启动的西沙水下考古，调查的42处水下遗存，涵盖了北宋至清代各个时期。在这些水下遗址中，发现并出水了一大批瓷器、碇石、石建筑构件、铜钱等各类遗物标本。

　　2015年，来自北京、海南、福建等地的25名水下考古及出水文物科技保护专业人员，圆满完成了珊瑚岛一号沉船遗址水下考古发掘、甘泉岛遗址陆上考古调查、金银岛一号沉船遗址水下考古调查、永乐环礁礁盘外海域物理探测调查等考古任务。

　　2018年3月至4月，由国家和海南等多方人员组成的水下考古队伍又对金银岛I号，永乐环礁附近海域等进行了调查和挖掘，确认了一处沉船遗址。